Mutasyona uğrayan yeni Corona virüs hakkında, Genomik sorular ve yanıtları..

COVID-19’a neden olan virüs olan SARS-CoV-2 ‘nin yeni bir mutasyonu yani varyantının, İngiltere’nin bazı bölgelerinde hastalığın bulaşmasının artmasına neden olduğu düşünülüyor. Hükümet, Londra dahil bazı bölgeleri Tier 4 olarak bilinen yeni, daha katı Corona virüs kısıtlamaları altına aldı .

Bu yeni keşfin önemi nedir? Söyleşi, mikrobik genomik araştırmacısı ve patojenlerin evriminde uzman olan Lucy van Dorp’a, zamanın bu noktasında bildiklerimiz hakkında bazı temel sorular sordu.

Bu yeni varyant hakkında ne biliyoruz?

VUI – 202012/01 veya soy B.1.1.7 olarak bilinen yeni İngiltere varyantı, ilk olarak 14 Aralık’ta sağlık sekreteri Matt Hancock tarafından duyuruldu. Daha sonra Public Health England ve İngiltere’nin COVID-19 sıralama konsorsiyumu tarafından onaylandı . SARS-CoV-2 veri tabanları aracılığıyla tekrar taranan ilk örnek, 20 Eylül’de alındı.

Varyant , virüsün insan hücrelerine girişine aracılık eden protein olan başak proteininde yedi tane olmak üzere 14 tanımlayıcı mutasyon taşır . Bu, dünya çapında dolaşımda bulunan birçok varyantla karşılaştırıldığında nispeten büyük sayıda değişikliktir.

Bugüne kadar, bu varyantın genetik profilleri – veya genomları – büyük ölçüde İngiltere’den sıralandı ve paylaşıldı, ancak bazıları Danimarka’da ve iki vaka Avustralya’da bulunuyor. Hollanda’da da bir vakaya dair raporlar var . Bu ülkelerin hepsinin çok büyük genom dizileme çabaları var ve bu gözlemlerin, başka bir yerde tespit edilmeden var olabilecek virüsün bu varyantının gerçek dağılımını yansıtmaması çok olası. Daha fazla genom üretilip paylaşıldıkça daha fazlasını öğreneceğiz.

İngiltere’tdeki veri paylaşımı, genomik gözetim ve COVID-19 test sonuçları çabaları sayesinde, bu varyantın artık virüsün mevcut versiyonlarına hâkim olmaya başladığı ve vakaların artan bir oranından sorumlu olabileceği görülüyor. Ülkenin, özellikle de hızla artan vaka sayılarına sahip olduğumuz bölgelerde…

Bu gibi durumlarda sebep ve sonucu çözmek her zaman çok zordur. Örneğin, belirli mutasyonların ortaya çıkmasındaki artışlar, onları taşıyan viral soyların, örneğin insan faaliyetleri veya müdahale seçimi nedeniyle, bulaşmanın yüksek olduğu bir alanda mevcut olmaları nedeniyle, artan sıklıktan kaynaklanıyor olabilir.

Bu hala bir olasılık olsa da, bu varyantın aktarımı engellemek için çok dikkatli bir karakterizasyon, gözetleme ve müdahaleyi garanti etmesi için şimdiye kadarki yeterince ilgili gözlemler vardır.

Daha mı tehlikeli?

Baş sağlık görevlisi Chris Whitty , bugüne kadar bu varyantın, hastalık şiddetini ölüm oranı veya enfekte olanlar için COVID-19 vakalarının ciddiyeti açısından değiştirdiğine dair hiçbir kanıt bulunmadığını açıkça belirtti. Bunu teyit etmek için çalışmalar devam ediyor.

Virüs mutasyonları nasıl olur?

Mutasyonlar, virüs evriminin doğal bir parçasıdır . SARS-CoV-2 durumunda, bu mutasyonlar, virüs replikasyonu sırasında rastgele hatalar nedeniyle ortaya çıkabilir, enfekte kişilerde antiviral proteinler tarafından veya rekombinasyon olarak bilinen genetik karıştırma yoluyla indüklenebilir . SARS-CoV-2’de rekombinasyon belirtileri şu anda tespit edilmemiştir .

Çoğu viral mutasyonun hiçbir etkisinin olmaması beklenir. Ekibimiz pandemik ilk dalgasından 50.000’den fazla genomları bireysel mutasyon değiştirmeler değerlendirilen Örneğin,  önemli ölçüde değişmiş hiçbiri tespit viral zindeliği hayatta kalma ve  virüsün üreme yeteneğidir.

Bununla birlikte, sık sık bir mutasyon veya bu durumda belirli bir mutasyon kombinasyonu, şanslı olabilir ve virüse yeni bir avantaj sağlayabilir. Bu mutasyon kombinasyonlarını taşıyan virüsler, doğru epidemiyolojik ortam göz önüne alındığında, doğal seçilim ile sıklığı artabilir.

Varyant nereden geldi?

Şu anda bilmiyoruz. Bugüne kadar, bilim adamları, varyantın yurtdışından tanıtıldığı teorisini desteklemek için yakından ilgili herhangi bir virüs tanımlamadılar. Gözlemlenen mutasyon kalıpları , mevcut verilere göre büyük olasılıkla Birleşik Krallık’ta uzun bir adaptif evrim dönemini daha desteklemektedir .

Daha zayıf bağışıklık sistemine sahip kronik olarak enfekte hastalarda SARS-CoV-2’nin evriminde bunlara benzer mutasyon modelleri gözlemlenmiştir . Mevcut hipotez, tek bir hastada böyle bir kronik enfeksiyon senaryosunun bu varyantın kökeninde bir rol oynamış olabileceğidir . Bu araştırılmaya devam edecek.

Ortalama olarak sadece az sayıda tanımlayıcı mutasyonla farklılık gösteren binlerce SARS-CoV-2 soyları vardır . Şu anda küresel dolaşımda bulunan SARS-CoV-2’nin çok az genomik çeşitliliğe sahip olduğu doğrudur. Bununla birlikte, farklı soylarda taşınan mutasyonlardaki incelikler , aktarım modellerini yeniden inşa etmek için çok yararlı olabilir .

Örnek olarak, pandeminin başlarında yapılan çalışmalar , Birleşik Krallık’a en az bin SARS-CoV-2 girişini belirlemek için soy atamalarını kullandı .

Bu neden farklı?

UK varyantını tanımlayan mutasyonların çoğunun SARS-CoV-2’de pandemiden önce ve hatta bazen oldukça erken bir zamanda gözlemlendiğini not etmek önemlidir.

Yine de Birleşik Krallık varyantı veya soyu, alışılmadık bir sayı ve mutasyon kombinasyonu ile tanımlanır. Bu mutasyonlardan biri olan N501Y’nin, virüsün hücrelerimizdeki reseptörlere bağlanmasını artırdığı daha önce gösterilmişti . N501Y, ilk olarak Nisan 2020’de Brezilya’da bir virüste sekanslandı ve şu anda Güney Afrika’da da sıklığı artan bir SARS-CoV-2 varyantı ile ilişkili – B.1.1.7’den bağımsız bir soy, bu da endişe verici.

B.1.1.7’deki başak proteininde tanımlanan belirli silmeler, virüsün diğer birçok soyunda artan sıklıkta görülmüştür ve ayrıca, antijenisiteyi değiştirebilecekleri kronik enfeksiyonlarda da gözlemlenmiştir – immün antikorlar tarafından tanınma. Bu delesyonlar, çiftlikte bulunan vizon enfeksiyonlarında gözlenenler ve virüsün insanlarda bağışıklık sisteminden kaçma kabiliyetinde rol oynadığı gösterilen bir mutasyon dahil olmak üzere koronavirüs diken proteininin bağlanma bölgesindeki diğer mutasyonlarla da ilişkili olabilir . B.1.1.7 aynı zamanda kesilmiş bir ORF8 genini barındırır ve bu bölgedeki delesyonlar daha önce azalmış hastalık şiddeti ile ilişkilendirilir .

Bu mutasyonların ve silmelerin fonksiyonel etkisi, özellikle B.1.1.7’de bildirilen kombinasyonda olduğunda, hala belirlenecektir. Mutasyonların yüksek sayısı ve bu özel varyantın yaygınlığındaki son artış, bazı mutasyon adaylarının biyolojik alaka düzeyi ile birlikte, derinlemesine çalışma ihtiyacını vurgulamaktadır.

Bu aşı için ne anlama geliyor?

Şu anda bilmiyoruz. Aşıların, başak proteinin tamamına geniş bir antikor tepkisi uyardığından emin olmalıyız, bu nedenle etkinliklerinin mutasyonlar tarafından önemli ölçüde engellenmeyeceği tahmin edilmektedir. Bu zaten test ediliyor .

Bununla birlikte, diğer mevsimsel koronavirüs türlerinin daha uzun zaman dilimleri boyunca bağışıklıktan kaçma kabiliyeti sergilediğine dair artan sayıda kanıt vardır .

Bu nedenle, grip için yaptığımız gibi, COVID-19 aşılarımızı o sırada dolaşımdaki varyantları yansıtacak şekilde güncellememiz gereken bir noktaya ulaşabileceğimiz düşünülebilir. Bunun şimdi olup olmayacağını söylemek için henüz çok erken, ancak kapsamlı genom dizilimi, veri paylaşımı ve varyantların standartlaştırılmış raporlaması bu çabaları bilgilendirmek için hayati önem taşıyacak.

Lucy van Dorp , Kıdemli Araştırma Görevlisi, Mikrobiyal Genomik, UCL

Bu makale The Conversation’dan bir Creative Commons lisansı altında yeniden yayınlanmıştır . Orijinal makaleyi okuyun .